承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。
工程预算阶段是工程造价审计把关的重要阶段，其主要工作是对工程竣工结算的审核。该项工作，主要是由工程审核人员根据合同、相关定额、竣工资料、 或地方的有关法规法规为依据，对送审的竣工结算进行汇总核实。工程决算的审核，核准的难点之一是工程项目隐蔽工程的签证。当前工程项目隐蔽工程签证，在审核的工程造价中，占有较大比重。隐蔽工程，由于施工后已难再见，无法实物核查，而终的审计人员只有依据相关资料及签证。
工程预算审核过程中应把握的措施
1、建设行政主管部门要加强管理，制定更加完善的管理制度，约束造价编制人员保证编制质量。
2、造价人员要提高自身素质，尤其是作为审核人员，既要有精通的业务，还要注意工作方法，只有抓住关键，把握重要环节，才能确保工程预算的预结算审核的质量。
在预结算审核工作中应注意如下几点问题审查执行的取费表是否与工程性质相符。例如是新扩建的工程就不能套用修缮工程的计费表或装饰工程计费表。
第二、施工企业的取费级别或所属建筑类别是否与取费表的计费相符。
履约保函的作用是保证承包商能按合同规定承担工程的实施和完成及其缺陷修复的银行担保，其有效期至业主向承包商颁发交工之日。工程预算承包商应按在规定的期限内向业主提交履约保函，未提交之前不得对其计量。动员预付款保函的作用是对业主支付给承包商用于开工前准备工作启动资金的银行担保，按工程进度以一定比例分期从各月的中期支付中扣回。其有效期至全部扣回之日起失效。承包商应按在规定的期限内向业主提交动员预付款保函，未提交之前不得支付动员预付款。