分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
工程预算材料费的计算要把好三关：“划分界限关”――严格按规定划分设备与材料。“价格关”――尤其是大宗材料和对造价影响较大的材料，要根据当地造价部门发布的材料指导价或通过市场调查、网上询价等途径，获取材料的真实价格。“计算关”――审查材料费及运杂费计算的合理性和合规性。分包工程计价的审计。对分包工程预算进行合理准确的计价是真实反映分包工程预算的基础，将工程量计算、定额子目套用及费率计取作为分包工程计价审计的审计重点。
施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。
至于指定基建材料、指定材料供货商，如果在合同中已经明确，也无可厚非。如果在合同中没有加以明确，施工单位又加以认可的话，也不必大惊小怪。不过，一般施工单位心中总是不是很愿意，毕竟材料占了工程预算的60％-70％，其中的利润自然可观。一个是建设单位自己采购的确可以降低成本，另一个有时施工单位采购的材料的确不过关，如果在合同中没有对于品牌、型号、材质加以明确的话，施工单位采购进来的材料一般都不是很好的。建设单位对这方面加以控制的话也可以理解。因为结算时一般以信息价和市场价调整，而信息价的利润幅度还是又的，市场价又难以把握，就象该文作者自己说的那样，所以建设单位此举说是控制成本也可以理解。作者把这些都看成时不正常的举动，未免太偏颇了。