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分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
工程预算审计组长的职责（1）确定跟踪审计小组人员的分工和岗位职责。（2）主持编写项目跟踪审计实施方案，负责跟踪审计项目的内部管理和外部协调工作。审阅重要的咨询成果文件，制定咨询原则，处理重要技术问题。（3）负责跟踪审计项目内各层次、各专业人员之间的技术协调、组织管理、质量管理等工作，处理审核人、校核人、编制人员之间的技术分歧意见，对形成的咨询成果质量负责。（4）根据项目实施方案，动态掌握项目造价变化情况，负责确定阶段控制目标，进行风险预测，分析偏差制定纠偏措施。（5）组织编写咨询成果文件的总说明、总目录，审核成果文件。
工程预算承包人按专业条款的约定时间，提交当月(或节点)完成形象进度，监理工程师(或甲方代表)在规定的时间内核实已完工程量。对合同范围内的工程量和变更的工程量分别签证认可。（2）承包人根据工程量检验认可的证明，编制当月(节点)的工程量完成统计报表(按合同要求)及月度(节点)工程价款结算书，提供进度款申请并附上与进度款审批有关的支持材料。报基建部门，由委托的造价咨询单位确认。（3）对月度(节点)工程价款结算书进行审核，首先审核签证记录的真实性、合法性，然后核定确认工程量；审核工程所套定额或清单价是否与工程执行定额或清单子目相符，实物工程量与图纸不符、施工情况与施工合同不符、施工用料发生变化，必须获取必要的签证，对暂定价款、综合单价调整、变更进度款要根据合同中的规定，审核时据实调整。（4）对审核结果由造价咨询单位出具审核意见。（5）根据每月(节点)的实际付款填制工程款使用计划执行情况。
工程预算中的工程结算审核，以施工承包合同为基础．以承发包双方发生的实物交易为依据，按照 或地方施工工、料、机消耗标准进行核算，对双方有约束力。其工程结算审核结果可作为双方结算的法律依据。审计定义为：由独立的机构和人员检查被审计单位的会计凭证、会计帐本、会计报表以及其他与财政收支、财务收支有关资料和资产，监督财政收支、财务收支是否真实、合法和有效的行为。审计的目的是加强对公有制投资者资金进行有效的控制，减少投资者滥用职权截留资金，转移资金于小金库，造成建设资金流失，实施违法违规行为。其职能是一种监督行为。
