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工程预算政府投资项目结算中的高估冒算还比较普遍， “三超”现象严重 ，通过重点抽查审计，可以发现并纠正大量违法乱纪行为，从总体上有效遏制超计划投资，节约大量的政府财政资金。这种方法的优点是审计时间短、风险小、效果好，适合对标底、专项预算和工程量清单的审计。例如，在某工程预算进行审计时，发现程项目很多，投资较大 ，如要对每个项目都进行审计，将要耗费大量的时间和精力。针对这一情况 ，审计人员在制定审计实施方案时 ，决定采用重点抽查法进行本次工程预算审计。经排查 ，发现天花进口矿棉板报价80 元/ m2，这个价格比市场上同类产品高出许多。
建筑工程预算夜间施工增加费是指因夜间施工所发生的夜班补助费、夜间施工降效、夜间施工照明设备摊销及照明用电等费用。非夜间施工增加费是指在地下室等特殊施工部位施工时所采用的照明设备的安拆、维护及照明用电等费用。包括施工时固定照明灯具和临时照明灯具的设置、拆除；施工现场交通标志、安全标牌、警示灯等的设置、移动、拆除。二次搬运费是指正常的施工现场不可避免的材料、构配件、半成品二次搬运费用。特殊情况下，不能用汽车直接运达施工现场内的材料，必须进行二次或多次搬运所发生的费用，另行计算。
工程预算由于工程建设涉及面广和其本身所具有的复杂性，在其建设过程中，不可避免地发生设计变更、材料设备变更等多种引起工程预算变化的情况。对于采取中标价从签证作为结算方式的工程，更应注意增减费用的审查。应注意设计变更的审查。设计变更单是设计单位在施工中发现需要变更的部位，或是由于建设单位需要改变使用功能、装修标准等而发出的变更通知单。它应是由设计单位、建设单位、施工单位、监理单位协商后共用签署的。审查设计变更时，一要应查验手续是否完备；二要判定该项变更是否引起经济利益上的增减变动，因为有的变更只是技术变更，并不引起经济变更。还要注意查阅竣工图，因为对于工程量增加而引起费用增加的项目。
工程量清单计量一般是根据每月完成的合同内实物工作量经监理工程师签认合格准予计量的工程细目，它有阶段性、按实计量的特点。根据这个特点，应在过程中来进行控制，而不是依靠事后发现超计量以后再扣回。工程预算计量人员（工地监理组、指挥部或总监办的工程部、计划部）均应认真学习合同文件和招标文件中的计量条款，心中应明确哪些项目可以计量，哪些项目不能计量，属于包含在其他工程项目中的内容（例如：涵洞计量是以延米综合单价计量的，因此其挖基、回填、清淤、基础垫层、出入口铺砌等均不能单独计量。
